果子学生信最新线下课程信息！
我们的生信数据挖掘线下培训课来了。课程目前已经迭代多次，是个有体系的课程，对于初学者比较友好。整个课程的设计和迭代，依托于三句话。第一:美图虽好，不是首选。我们在一开始就强调过：尽管漂亮的图表是刚需，无论基金还是文章都需要，却是初学者最不应该学的。初学者应该把有限的精力用在数据清理上。R语言的特点就
视频小教程_如何画出没有教程的图？
最近有人在群里提问，下面的热图该怎么画。这张热图，在每一个格子里面用对角线一分为二，呈现了两类信息。图片来自于这篇文章的图1D。通常，遇到这种需求，我都会直接检索，看看有没有现成的R包可用。可以提取检索词检索一下，这里主要信息应该是"对角线热图R语言"，查阅字典后，关键词就变成了
视频小教程_R语言中的批量操作
（本次操作有配套的视频教程，在果子学生信公众号回复“果子爱批量”自行获取，和代码一起以project的形式分享）目前而言，我学R语言，受益最大的是批量操作。比如，我们可以实现批量计算2万个基因的生存分析。这里有个例子：8秒完成2万个基因的生存分析，人人都可以！如果更猛一点，用双基因来分开样本，可以实
果子的TCGA教程汇总，持续更新。
首先看这几个帖子：从GDC下载TCGA肿瘤数据库的数据把GDC下载的多个TCGA文件批量读入RTGCA数据的标准化以及差异分析很有诚意！人人可做的转录组数据下游分析下面几个也可以看看TCGA真实数据下的批量生存分析TCGA提取非编码RNA并完成下游分析GTF文件有什么用啊？别的不谈，最起码能提ln
果子的GEO芯片分析教程汇总, 持续更新。
这是个导航帖，可以有效解决芯片分析的大部分问题。内容抵得上一个GEO的培训班。首先用20%的精力解决80%的分析，可以看这篇，可以对GEO表达谱芯片有个大致的了解来完成你的生信作业，这是最有诚意的GEO数据库教程在果子学生信公众号回复"果子学生信"，可以自助获取R语言环境的配置教
dplyr需要掌握的6个函数
dplyr是我十分喜欢的包，这里面需要掌握的函数并不多，但是很有用。数据集介绍这次我们使用R语言内置的数据集iris来示范鸢尾花(iris)是数据挖掘常用到的一个数据集这个数据集150行，5列该数据包含150种鸢尾花的信息每50种取自三个鸢尾花种之一（setosa,versicolour或virgi
group_by和summrise连用后，分组计算就很方便！
关于分组计算这个话题，我在写过的那些帖子里面，经常用到的就是group_by联合summarise比如多探针求最大值，多甲基化位点求平均值，TCGA中miRNA求最大值GEO芯片中多个探针对应一个基因，是求平均值还是保留最大值？批量读入TCGA的miRNA数据(注意细节)R语言学习路上的忆苦思甜凡是
30分钟的教程写了13年，这回正则表达式有救了!
关于正则表达式一定要看完，收藏就是雪藏。如果我们要在一段mRNA序列里查找起始密码子“ATG”的位置，在word中使用查找就可以，也可以使用快捷键Ctrl+F,输入ATG就行。这是常规操作，人人都会。但是如果我们要寻找一段CDS区(蛋白编码序列)，他通常是以ATG起始，以TGA,TAG,TAA三个中
我喜欢的gather快要被淘汰了，好在来了更好的宽长转换工具！
果子唠嗑不断地有人问我，你的简书文章哪里去了。很难受，我的简书被封掉了。而我一直把简书当作写作工具在使用，也一直在蹭他的图床。今天在熊的帮助下，我用上了新的markdown工具，用上了自己的图床，工作又可以开展了。具体的过程在明天的帖子里面。（在发这个帖子的过程中，又获得了熊的极其骚的操作，我现在跪