Linux 安装后要做的事

组装了服务器,又装上了系统,会使用编辑器,我马上就想开始RNA-seq的练习,但是在这之前,有一些事情需要完成。
首先要知道如何进入linux的终端,当我没说。

##知道基本的linux命令

ls,pwd,cd, cat,less,vim

  • pwd查看当前目录
  • ls查看目录下的文件
  • cd 切换目录,tab键可以自动补齐
    详细的可以读一读生信菜鸟的帖子教你如何轻松入门Linux,我把它放在了阅读原文里面。 ##配置SSH
    虽然我为linux配置了一块屏幕,实际上工作中并不需要,我们用笔记本ssh到服务器,然后直接在自己的笔记本电脑上操作就行了
    #号表示root权限,$表示普通权限,这两个符号不需要输入。切换root 和普通用户使用命令:
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    su root #普通转root
    su 用户名 #root转回普通用户,注意大部分时间是在用普通权限,不需要使用root账户分析数据,因为linux认为权限越大,责任越大,你使用root删除资料是没有人提醒你的,删了就是删了。

终端中输入:

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# vim /etc/ssh/sshd_config

上一次已经说了vim的基本使用,把下面文字前面的#号去掉

  • Port 22
  • Protocol 2
    保存退出,再输入:
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    # /etc/init.d/sshd restart

使用命令

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ifconfig

找到类似于192.168这样的地址,然后记住自己的账户名和登录密码
使用putty或者xshell即可使用笔记本远程登录自己的服务器
此时服务器可以不用关机,屏幕也可以不要了。
注意,这里的远程登录,范围大小只是路由器的辐射范围,不能异地远程登录,如果想要实现异地远程登录,即在家使用实验室的服务器,需要服务器有固定IP,而固定IP很贵,买不起,如果没有可以尝试用下面的方法实现。

路由器端口转发

具体过程可以查询解决方案,这时候要注意,一旦路由器断电,或者重启,路由器会获得一个新的IP,这时候需要重新设置,才能继续使用。
如果需要再服务器和windows电脑上交换文件,推荐使用windows端的winscp软件,很好用。

##修改SELinux配置
打开SElinux会导致一些生物信息软件安装不了,所以将他关闭

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# vim /etc/selinux/config

输入下面文字:

  • SELINUX=disabled
    ##安装GCC
    我们安装的Centos6.5里面含有的是低版本的GCC,而有一些生物信息软件的安装需要高版本的GCC,这一次我们的任务是安装一个高版本的GCC,并且与系统自带的GCC共存。
    GCC是个编译工具。Linux系统下的GCC(GNU C Compiler)是GNU推出的功能强大、性能优越的多平台编译器,是GNU的代表作品之一。gcc是可以在多种硬体平台上编译出可执行程序的超级编译器,其执行效率与一般的编译器相比平均效率要高20%~30%。其实到目前为止我也搞不清楚,但是我会装,会用。
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    sudo mkdir /opt/biosoft /opt/sysoft/ #使用root权限在opt下创建biosoft和sysoft文件夹,以后大部分软件安装在biosoft里面,本次高版本GCC软件安装在syssoft文件夹
    sudo chmod 1777 /opt/biosoft /opt/sysoft/ #使用root修改文件夹的权限
    wget http://mirrors-usa.go-parts.com/gcc/releases/gcc-4.9.3/gcc-4.9.3.tar.bz2 -P ~/software/ #下载高版本GCC到software文件夹
    tar jxf ~/software/gcc-4.9.3.tar.bz2 #打包解压
    cd gcc-4.9.3/ #转到这个目录
    ./contrib/download_prerequisites# 下载相应的依赖软件
    sudo yum install glibc-devel.i686
    mkdir ../gcc-build
    cd ../gcc-build
    ../gcc-4.9.3/configure --prefix=/opt/sysoft/gcc-4.9.3 --enable-multilib --with-system-zlib
    make -j 8 #8线程编译
    make install
    cd ../ && rm gcc-build/ gcc-4.9.3/ -rf
    echo 'export PKG_CONFIG_PATH=/opt/sysoft/gcc-4.9.3/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH' >> ~/.bashrc.gcc
    echo 'export LD_LIBRARY_PATH=/opt/sysoft/gcc-4.9.3/lib64:/opt/sysoft/gcc-4.9.3/lib:$LD_LIBRAR\ Y_PATH' >> ~/.bashrc.gcc
    echo 'export C_INCLUDE_PATH=/opt/sysoft/gcc-4.9.3/include:$C_INCLUDE_PATH' >> ~/.bashrc.gcc
    echo 'PATH=/opt/sysoft/gcc-4.9.3/bin/:$PATH' >> ~/.bashrc.gcc
    source ~/.bashrc.gcc

##安装Python 2.7.11 版本
有的软件执行需要Python

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wget https://www.python.org/ftp/python/2.7.11/Python-2.7.11.tgz -P ~/software/
tar zxf ~/software/Python-2.7.11.tgz
cd Python-2.7.11/
./configure --prefix=/opt/sysoft/Python-2.7.11/
make -j 8
make install
cd .. && rm Python-2.7.11/ -rf
echo 'PATH=$PATH:/opt/sysoft/Python-2.7.11/bin/:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

##安装pip,用于安装Python需要的依赖软件

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wget https://pypi.python.org/packages/45/5e/79ca67a0d6f2f42bfdd9e467ef97398d6ad87ee2fa9c\ 8cdf7caf3ddcab1e/setuptools-23.0.0.tar.gz -P ~/software/Python_modules/
tar zxf ~/software/Python_modules/setuptools-23.0.0.tar.gz
cd setuptools-23.0.0/
/opt/sysoft/Python-2.7.11/bin/python setup.py install
cd .. && rm setuptools-23.0.0 -rf
wget https://pypi.python.org/packages/e7/a8/7556133689add8d1a54c0b14aeff0acb03c64707ce1\ 00ecd53934da1aa13/pip-8.1.2.tar.gz -P ~/software/Python_modules/
tar zxf ~/software/Python_modules/pip-8.1.2.tar.gz
cd pip-8.1.2/
/opt/sysoft/Python-2.7.11/bin/python setup.py install
cd .. && rm pip-8.1.2 -rf

##CentOS下安装软件的常用方法
这部分整理自笔记,来源不清楚,也可以看完这部分内容再去完成上面的操作,主要是帮助立即。

  • 1.一种是软件的源代码,需要自己动手编译它。这种软件安装包通常是用gzip压缩过的tar包(后缀为.tar.gz)。
  • 2.另一种是软件的可执行程序,只要安装它就可以了。这种软件安装包通常被是一个RPM包(Redhat Linux Packet Manager,就是Redhat的包管理器),后缀是.rpm。
    ##对于需要编译的第一种,分两个部分:
    ###第一部分:.tar.gz
    首先,将安装文件拷贝至你的目录中。例如,如果你是以root身份登录上的,就将软件拷贝至/root中。
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    #cp filename.tar.gz /root

由于该文件是被压缩并打包的,所以,应对其解压缩。命令为:

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#tar xvzf filename.tar.gz

执行该命令后,安装文件按路径被解压缩在当前目录下。用ls命令可以看到解压缩后的文件。通常在解压缩后产生的文件中,有名为”INSTALL”的文件。该文件为纯文本文件,详细讲述了该软件包的安装方法。
对于多数需要编译的软件,其安装的方法大体相同。执行解压缩后产生的一个名为configure的可执行脚本程序。它是用于检查系统是否有编译时所需的库,以及库的版本是否满足编译的需要等安装所需要的系统信息。为随后的编译工作做准备。命令为:

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#./configure

如果检查过程中,发现有错误,configure将给予提示,并停止检查。你可以跟据提示对系统进行配置。再重新执行该程序。检查通过后,将生成用于编译的MakeFile文件。此时,可以开始进行编译了。编译的过程视软件的规模和计算机的性能的不同,所耗费的时间也不同。命令为:

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#make (make -j 4 这是以四线程来编译)

成功编译后,键入如下的命令开始安装:

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#make install (sudo make install)

安装完毕,应清除编译过程中产生的临时文件和配置过程中产生的文件。键入如下命令:

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#make clean
#make distclean

至此,软件的安装结束

###第二部分
1.首先,使用tar -xzvf来解开这个包,如:

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#tar -xzvf apache_1_3_6_tar.gz

这样就会在当前目录中创建了一个新目录(目录名与.tat.gz包的文件名类似),用来存放解压了的内容。如本例中就是apache_1.3.6
2.进入这个目录,再用ls命令查看一下所包含的文件,如:

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#cd apache_1.3.6
#ls

你观察一下这个目录中包含了以下哪一个文件:configure、Makefile还是Imake。

  • 1.如果是configure文件,就执行:

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    #./configure
    #make
    #make install
  • 2.如果是Makefile文件,就执行:

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    #make
    #make install
  • 3.如果是Imake文件,就执行:

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    #xmkmf
    #make
    #make install

make原理是执行一个叫(所生成的)Makefile文件里的指令,make的基本用处是自动根据makefile里的指令来编译源文件。它还可以用来做比如安装软件,卸载软件等事情,但前提是作者在makefile里写了。比如makefile里有这么些内容:
install : < commands >
然后用make install的话,make程序就会按照上面install:后面的指令< commands >执行安装,uninstall也是一样的道理,大部分的作者会写有卸载的部分,这时只要简单地执行make unistall就可以,如果作者懒没有写,那就只有根据make install中的步骤,看它把什么文件拷到哪去了,然后分别手动删除。
还有关键的一点是,编译安装完成后,不要删除源代码,不然就算作者写了unnistall目标,你也没有makefile可以执行了。
3.如果没有出现什么错误提示的话,就搞定了。至于软件安装到什么地方,通常会在安装时出现。否则就只能查阅一下README。

##第二种:.rpm
RPM是Red Hat公司随Redhat Linux推出了一个软件包管理器,通过它能够更加轻松容易地实现软件的安装。
将安装文件拷贝至你的目录中/usr/src。然后使用rpm来安装该文件。命令如下:

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#rpm -ivh filename.i386.rpm

rpm将自动将安装文件解包,并将软件安装到缺省的目录下。并将软件的安装信息注册到rpm的数据库中。

  • 1.安装软件:执行rpm -ivh rpm包名,如:

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    #rpm -ivh apache-1.3.6.i386.rpm
  • 2.升级软件:执行rpm -Uvh rpm包名。

  • 3.反安装:执行rpm -e rpm包名。
  • 4.查询软件包的详细信息:执行rpm -qpi rpm包名
  • 5.查询某个文件是属于那个rpm包的:执行rpm -qf rpm包名
  • 6.查该软件包会向系统里面写入哪些文件:执行 rpm -qpl rpm包名
    ##终于可以开始RNA-seq分析啦!!
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