临床医生的服务器组装记录

写于2017年1月7日
我在想为什么可以学会芯片分析,但总学不会RNA-seq?

答案:芯片分析只要是台电脑就可以上手,但是RNA-seq,没有一台像样的服务器,谈何容易。

于是我就准备从头组装一台服务器。

结果:组装成功并用了三天入门RNA-seq。

首先最恐怖的问题:

电脑零基础能组装自己的服务器么?

我问了一下Jimmy,他说,刚好有个小伙伴自己组装了一台工作站,你可以参考下,我说,把配置清单给我:

  • 1.cpu 至强E5-2683-v3 1个
  • 2.内存64g,DDR4-RECC
  • 3.主板微星99A RAIDER
  • 4.硬盘: 希捷2T机械硬盘,
  • 5.三星960 EVO 256g固态硬盘

最终我也联系到了那位小伙伴(广西医科大学),发现他把配件买齐后,已经配置好了,所以这个事情给了我很大信心。和优秀的人在一起,视野会开阔许多。
好吧,其实这时候不担心会不会组装,担心的是这样的配置,能不能带得动RNA-seq以及其他的生物信息分析。
我就问了一下暑假学习的老师(陈连福老师),他说你这个够用,但是作为专业的生信工作人员,你得上四路,4个CPU,内存要大(256g起步),硬盘要大(4T起步),机器要专业,价格要公道。我说,说那么多,没用,我预算就这么点钱,您比着给个建议吧
他说,我觉得我自己组装的这个DL580G7服务器就挺好,4个CPU,40核80线程,256g内存,所有耗材都是在某宝上攒的,共花费16000。后面问了下业内人士,这么点钱搞下来的都是高手
我就说,你给我配置清单呗:

  • E7-4870 4个
  • 内存 8g乘以32条=256g
  • DL580G7 主板 带笼子(来自退伍专业服务器)
  • 硬盘 2T乘以4
  • 电源 4个
  • 内存扩展板 4个
  • 风扇
    我拿着清单去某宝查了一下,确实搞不下来,更主要的原因就是我对这个东西一点都不懂。专业的事情交给专业的人来做,我就问他,能不能付费给你,你帮我搞一个一样一样的,他说可以,但是组装服务器有风险,cpu点亮是个难题,来回调货很耗时间,组装好了调试也花时间,但是我的可以直接卖给你,但是要加收服务费,
    我说好,接受!
    但是最后因为时间的问题以及我要把他放在家里(专业的放在家里不合适),我决定自己组装,这也是学习的过程。就参照一开始广西医科大学那位朋友单个CPU的配置。
    首先我有了4路这个概念,所以我折中选择双路,我自己觉得更新获取新的概念很重要,很多时候我们懵逼多半是因为脑子里面完全没有这个概念而已,比如在组装的过程中我又知道了RAID模式,磁盘阵列卡等概念。

    李笑来说过,人与人之间的差异就是正确的概念量的大小。
    既然选择了双路,我也懒得换CPU,就用那个E5-2683-V3,买两个就行。

  • CPU:Intel/Xeon E5-2683-V3 正式版CPU 原装散片 14核心28线程(2个)

可是这时候问题来了,双路是需要主板支持的,所以我又看了一下双路的主板,这时候我的脑子里面已经有了兼容这个概念,所以我就检索能够支持E5-2683-V3的双路主板,最终找到了这个

  • 主板:全新超微X10DAI LGA2011-3 C612 双路E5-2600V3V4 图形工作站主板
    这个主板支持16根内存插槽,方便以后升级。
    然后我又注意到这个主板写了支持的机箱,我才知道,原来主板换了,也要换机箱,我看到这家店里也卖机箱,专业的服务器机箱,我说就在你家买,你把主板和机箱配好了再给我寄过来吧,最后在店家的提醒下,又买了两个cpu的风扇。
  • 机箱:超微SC745TQ-920B 图形工作站塔式机箱 920W电源 8*SATA热插拔
  • CPU风扇:DIY组装网烁WASO 3U2011 五热管 四线侧吹静音工作站散热器 两个
    现在最重要的就是内存,问了一下群里的朋友,人家直接回复说,DDR4,RECC,2333频率,其实我也不懂这些是什么东西,我也不关心参数什么的。专业的事情让专业的人来做,我听就行了。随即跟电脑城的朋友联系,买了4根三星的内存
  • 内存:三星专业服务器内存 DDR4 RECC 16g 4个
    其实到了这一步,一个服务器的框架基本就形成了,除了硬盘啥都可以不要。
    但是我同时考虑到一个问题,万一,我是说万一,将来不做生物信息学分析,这个机器怎么办呢?我想我能不能给他配点东西让他能够输入,输出,当一台强大的家用电脑用呢?
    所以我又买了一块显示屏:
  • 显示屏:三星C27F591FD 27英寸新品曲面1800R曲率液晶
    又买了一个键盘,
  • 机械键盘:海盗船K65红轴
    买了个鼠标
  • 鼠标:Logitech/罗技MX MASTER无线大师鼠标 蓝牙优联双模式鼠标
    我想用另一块硬盘装windows系统和黑苹果系统,而且我之前也体会到了固态硬盘的威力
  • 固态硬盘:Intel SSD 256g 1个
    后来又了解到我的主板没有集成显卡,我想到后面要处理图片,所以又整了个入门级别的专业图形卡
  • 显卡:丽台Quadro K620专业设计图形工作站绘图2G显卡
    这个图形卡支持双接口,DP接口和HDMI接口,考虑到我的笔记本电脑是HDMI接口,所以又购置了一根DP线用于连接服务器
  • 绿联发烧款 dp线4K高清DP1.2连接线公对公Dell hp displayport线
    考虑到实验室网速太慢,准备把机子放在家里面,但是只能用WiFi,所以又买了个无线网卡,考虑到后面要安装黑苹果系统,所以选的是不需要安装驱动的网卡
  • 无线网卡:Fenvi无线网卡台式机pci-e AR9280双频5G 300M+300Mac免驱
    这时候我扛着在网上买来的的东西去电脑城找人安装,我想自己查一查网络也可能学会,但是我不喜欢这样做,这需要学习成本,而且专业的事情要交给专业的人来做,对我来说,最需要的是,生信练习,我巴不得有人能够直接把服务器放到我家里,我打开电脑就能用,这时候我根本不想体验动手的乐趣。
    电脑城的朋友恰巧收购了一台惠普二手的服务器,就把上面的光驱和硬盘卸载下来卖给了我。
  • 硬盘: 惠普2T 7200转 两块
  • 光驱: 惠普原装
    讲到硬盘这里还有个小插曲,为还专门写了一段:

    我在购买硬盘的时候 ,观察到硬盘上会写有这样的标志,6Gb/s。
    实际上这个标志我看了很多遍,直到我配置服务器时才注意到。

    学习一项新的技能,看世界就多了一个维度,这种感觉就像刚背了单词,再去做题时总是会碰到,刚买了新车,发现满大街都是一样的车。但是呢,单词就在那里,没有变过,汽车就在街上,不增不减。改变的是我们的注意力,扩增的是知识结构,从此那些相关的点就会自动填充进来。

我的使用经验告诉我,没有哪一个硬盘达到过这个速度,即使是我特别喜欢的固态硬盘也远远达不到这个要求,那么这个6Gb/s是啥意思呢?
我回家后查阅了一些资料,暂时的理解是这样子的:
SATA(Serial ATA)口的硬盘又叫串口硬盘,是未来PC机硬盘的趋势,现已基本取代了传统的PATA硬盘。SATA的优势:支持热插拔 ,传输速度快,执行效率高。
SATA分为SATA1.0和SATA2.0和SATA3.0,最大传输速度分别是150M/s和300M/s和600M/s
SATA3.0又叫SATA 6GB/s接口,这个所谓接口速度6GB/s,6GB/s=1024M*6/s=6144M/s≈6000M/s,然而上文提过,SATA3.0最大传输速度600M/s,看起来是矛盾的,但是我们要注意,6Gb/s的b是小写,而GB,MB的B是大写,

这两个b的意思不一样!!!!!
6Gb/s = 6 Giga-bits /second

bit(s) = 比特位,缩写b
Byte(s) = 字节,缩写B

  • 比特位(bit)
    来自英文bit,音译为“比特”,表示二进制位。位是计算机内部数据储存的最小单位,11010100是一个8位二进制数。一个二进制位只可以表示0和1两种状态(21);两个二进制位可以表示00、01、10、11四种(22)状态;三位二进制数可表示八种状态(23)……。
  • 字节(byte)
    字节来自英文Byte,音译为“拜特”,习惯上用大写的“B”表示。
    字节是计算机中数据处理的基本单位。计算机中以字节为单位存储和解释信息,规定一个字节由八个二进制位构成即1个字节等于8个比特(1Byte=8bit)。八位二进制数最小为00000000,最大为11111111;通常1个字节可以存入一个ASCII码,2个字节可以存放一个汉字国标码。 1Byte = 8bits

    所以1Gb = 1/8 GB=128 MB
    也就是说
    6Gb/s = 6/8 GB/s = 0.75 GB/s = 750 MB/s
    1B=8b。但是硬盘是8/10传输。每10位里只有8个数据位,2个校验位。所以虽然传输了10b但是只有8b是数据。所以要打8折,
    所以6Gb/s得最终得传输数据速度是750乘以0.8=600MB/s
    而这个600是理论上的最大值,实际上在传输过程中还有约10%的损耗,所以最终,大概传输速度是600乘以0.9=540M/s,这还是固态硬盘的速度,所以世面上的固态硬盘大多说自己的最大速度是550M/s,真实速度大概是200M/s左右。
    如果换成机械硬盘,SATA 6Gb/s的意思只是说这个硬盘支持的接口是SATA3,并不代表他的速度。机械硬盘真实的传输速度大概是40M左右。
    所以,6Gb/s只是告诉我们这个硬盘是SATA3接口,不要想多了,不要想多了。
    好的插曲结束

    最终顺利地成功点亮CPU,在固态硬盘装上win10系统,我扛着这个80斤重的东西就回家了,就这样,对电脑一无所知的我配置了一台属于自己的服务器。回家装上CentOS系统,捣鼓了一通,现在,我已经入门RNA-seq了。
    百无一用是书生,人们常说,科研人员做那么多实验,在工作生活中有什么用呢?上了临床还需要那些RACE实验,pulldown实验干什么!实际上当我写完帖子后才发现,这次组装服务器的过程就跟我平常学习一个新实验的过程是一样的

  • 找到会做这个实验并且有成功经历的人并索取protocol(最初的配置清单)
  • 通过店家的帮助更新概念修改protocol(主板和机箱卖家普及知识)
  • 买齐耗材,开始实验,最好能请到会做的人演示一遍(电脑城的朋友组装)
    这么一想,心里踏实多了。
    好了现在你已经至少知道单路,双路,四路服务器的基本配置,已经可以开始上路了
    对于单路服务器,点击阅读全文,我们技能树论坛已经有小伙伴分享了详细的组装配置以及单价
    如果你觉得这样还嫌麻烦,那就对了
    在某宝上输入“图像工作站”或者“黑苹果”这样的词,已经有大量的团队帮你组装好,剁手下单,手起刀落,整个世界都沸腾了。

最后我还要温馨提示几件事情:
1.最终我的服务器放在了实验室,为啥呢,双路服务器噪声太大,如果想要兼顾家用,考虑一下单路外加水冷静音。
2.我最终并没有装黑苹果系统,为啥呢,双路难度太大,别人都不敢接单。
3.不要过分考虑参数,你要是听过群主讲他们的服务器上了百万,你就知道我们这个不值一提,对我们而言,尽快地开始比什么都重要
4.我使用的RNA-seq练习代码由下面的帖子提供。
5.如果你是单位购买服务器,千万不要自己组装,直接买品牌套装,维修方便。

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