TCGA数据库大集合

虽然我现在有了自己的服务器,但是我觉得:

临床医生所理解的生信分析仅仅是数据库的使用,即使是数据库,大部分孩子也是知之甚少。

我把看过的帖子做一个合集,方便自己查阅
看一个万事屋2015年6月25日对cBioPortal的介绍,那时你在干嘛呢?
挖坟神器:TCGA的影分身
再看看郭大侠一天之内如何挖掘4个TCGA数据库的
基于TCGA蛋白芯片数据的分析神器
如何从茫茫文献中挖掘出神器
那一天我找到了基于TCGA的长链非编码神器Tanric,但是我并没有写贴
这是之后出现的Tanric帖子
lncRNA功能研究神器:TANRIC数据库
lncRNA研究利器之”TANRIC”:一个探索癌症中lncRNA功能的交互式开放平台

对于TCGA数据,生存分析是刚需,在Twitter上无意间发现了OncoLnc,
生存曲线这种东西,还是用别人的好
懒人怎么做肿瘤病人的生存分析?
而如果你关注生信技能树这个公众号,你会发现还有一个神帖
都可以批量做生存分析了,还要网页工具干嘛?
说了这么多加入你还没有分子,可以尝试一下这里的方法:
如何在不懂生信的前提下挖掘别人的数据?

好烦!又要给你们推荐神器了……
我就是用这神器随便挖一个TCGA
福利就在今日-oncomine的用法
oncomine是我的启蒙老师,需要教育邮箱,我想大部分孩子都没有想过去申请一个,而我可能是全校少数的申请者,当时管理员都忘了如何开通,眼神特别惊讶,而我的启蒙帖子是这样的
还愁什么?前期工作就这么设计!
假如你不会系统地挖掘数据可以看看这个:
这是一个学生学习后的成果:
盗墓笔记——如何用万事屋给的神器,不做实验挖掘乳腺癌相关标记基因?
下面这个帖子意义重大,是郭猛老师的GEO课程,我认为这个可能是全网第一个大规模公开的GEO视频,是我R语言的入门老师,当时我赞赏了50块,之后又系统的学习了生信技能树群主的课程,特别好。
GEO芯片数据下载与分析技巧(视频版)
可能R语言有点不适应,你可以尝试用去年我给出的方案:
代码芯片分析图文教程:每个人都可以做一做的生信第1题
如果你研究甲基化,看看这个两个
基因甲基化和表达如何实现一站式查询?
这是一款有毒的神器网址http://mexpress.be/
如果你对上面的都不感兴趣,试一下这个,这是我认为目前最好的TCGA可视化数据库,而我是全网第一个写帖子推荐的
中国制造:碉堡的TCGA可视化网站GEPIA
在这之前,我觉得看一下这个帖子是有益于身心健康的:
课题设计:收不完的病人查不完的房,临床医生如何快速地设计一个靠谱的课题?

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